Javierre del Obispo se encuentra a orillas del Barranco de las Gargantas, a muy corta distancia del río Gállego en el que éste desemboca, en el extremo sur del término municipal de Biescas, casi en el límite del término municipal de Sabiñánigo.

Desde el punto de vista eclesiástico de la Iglesia Católica, pertenece a la Diócesis de Jaca la cual, a su vez, forma parte de la Archidiócesis de Pamplona.

Al este de Javierre del Obispo se encuentra el Oturia de 1.920 m de altitud, que la separa del Sobrepuerto, en el término municipal de Broto.